COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 23.590437 23.590437 21.053822
2021-03-28 17:00:00 21.648085 21.648085 20.965421
2021-03-27 17:00:00 21.474255 21.474255 20.839016
2021-03-26 17:00:00 21.594346 21.594346 20.801940
2021-03-25 17:00:00 20.219717 20.219717 20.732708
2021-03-24 17:00:00 18.459175 18.459175 20.635154
2021-03-23 17:00:00 18.389306 18.389306 20.512587

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 21.313035 21.313035 17.537661
2021-03-28 17:00:00 19.735877 19.735877 17.330672
2021-03-27 17:00:00 20.689655 20.689655 17.332999
2021-03-26 17:00:00 23.444976 23.444976 17.402943
2021-03-25 17:00:00 13.790036 13.790036 17.303021
2021-03-24 17:00:00 14.193270 14.193270 17.143020
2021-03-23 17:00:00 12.344058 12.344058 16.863588

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 14.864865 20.450607 21.418727
2021-03-28 17:00:00 24.584718 24.584718 21.234194
2021-03-27 17:00:00 19.444444 23.050260 21.264842
2021-03-26 17:00:00 21.568627 21.568627 20.920065
2021-03-25 17:00:00 18.563923 18.563923 20.632765
2021-03-24 17:00:00 19.965278 19.965278 20.333596
2021-03-23 17:00:00 20.934256 20.934256 20.327888

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 14.075630 6.968279 12.934856
2021-03-28 17:00:00 17.239755 17.239755 13.114619
2021-03-27 17:00:00 16.461439 16.461439 13.121846
2021-03-26 17:00:00 14.486639 14.486639 13.228509
2021-03-25 17:00:00 15.243902 12.355584 13.270065
2021-03-24 17:00:00 12.219618 12.219618 13.043938
2021-03-23 17:00:00 10.837607 10.837607 12.959671

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 17.882821 14.602919 14.322703
2021-03-28 17:00:00 14.833959 14.833959 14.378694
2021-03-27 17:00:00 14.332987 14.332987 14.473116
2021-03-26 17:00:00 14.734373 14.734373 14.412425
2021-03-25 17:00:00 14.241443 14.241443 14.384302
2021-03-24 17:00:00 12.158145 12.158145 14.615837
2021-03-23 17:00:00 15.001611 15.001611 14.829896

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 80.311502 45.369430 47.777601
2021-03-28 17:00:00 51.768411 51.768411 47.915936
2021-03-27 17:00:00 47.211819 47.211819 47.691036
2021-03-26 17:00:00 50.474984 50.474984 48.097431
2021-03-25 17:00:00 41.582965 41.582965 47.714578
2021-03-24 17:00:00 35.545024 35.545024 46.925737
2021-03-23 17:00:00 42.706360 58.470907 46.657229

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 25.315391 9.317443 18.238736
2021-03-28 17:00:00 17.260062 17.260062 18.599226
2021-03-27 17:00:00 17.948718 17.948718 19.017290
2021-03-26 17:00:00 22.390671 22.390671 19.430328
2021-03-25 17:00:00 22.905332 22.905332 19.960237
2021-03-24 17:00:00 18.207885 18.207885 20.285219
2021-03-23 17:00:00 18.079842 18.079842 20.615298

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 14.217673 14.217673 9.492966
2021-03-28 17:00:00 10.944206 10.944206 9.304752
2021-03-27 17:00:00 9.370507 9.370507 9.139133
2021-03-26 17:00:00 9.362457 9.362457 9.102558
2021-03-25 17:00:00 9.543048 9.543048 9.014469
2021-03-24 17:00:00 8.152848 8.152848 8.887502
2021-03-23 17:00:00 8.670117 7.224187 8.743225

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 134.800000 12.523226 16.426682
2021-03-28 17:00:00 20.459290 20.459290 16.198480
2021-03-27 17:00:00 19.578090 19.578090 16.104186
2021-03-26 17:00:00 17.838828 17.838828 15.942720
2021-03-25 17:00:00 16.233980 18.208625 15.599741
2021-03-24 17:00:00 15.671642 15.671642 15.237667
2021-03-23 17:00:00 13.215859 13.215859 14.941008

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 30.834050 14.630166 30.306686
2021-03-28 17:00:00 33.051643 33.051643 30.482121
2021-03-27 17:00:00 36.180458 36.180458 30.616098
2021-03-26 17:00:00 36.493675 36.493675 30.706293
2021-03-25 17:00:00 35.668340 35.668340 30.839346
2021-03-24 17:00:00 32.714493 32.714493 30.936593
2021-03-23 17:00:00 31.894589 31.894589 31.174800

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 31.266846 8.222577 17.654908
2021-03-28 17:00:00 19.858435 19.858435 18.028777
2021-03-27 17:00:00 22.650376 22.650376 18.341774
2021-03-26 17:00:00 22.579564 22.579564 18.703177
2021-03-25 17:00:00 19.639469 19.639469 19.061512
2021-03-24 17:00:00 19.446154 19.446154 19.485667
2021-03-23 17:00:00 15.237020 15.237020 19.540169

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 9.740260 9.740260 5.601652
2021-03-28 17:00:00 8.433735 3.176342 5.818411
2021-03-27 17:00:00 11.191336 11.191336 6.044246
2021-03-26 17:00:00 7.181572 7.181572 6.222947
2021-03-25 17:00:00 3.312303 3.312303 6.714541
2021-03-24 17:00:00 4.809287 4.809287 6.970206
2021-03-23 17:00:00 6.413302 6.413302 7.053942

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 13.833992 2.127660 7.192836
2021-03-28 17:00:00 7.596154 7.596154 7.627255
2021-03-27 17:00:00 5.892857 5.892857 8.232212
2021-03-26 17:00:00 10.691824 10.691824 8.975948
2021-03-25 17:00:00 8.493490 8.493490 9.971535
2021-03-24 17:00:00 9.660107 9.660107 11.143707
2021-03-23 17:00:00 7.884923 7.884923 12.712365

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 40.776699 21.483376 47.344077
2021-03-28 17:00:00 42.187500 42.187500 48.053801
2021-03-27 17:00:00 54.020101 54.020101 49.716832
2021-03-26 17:00:00 55.737705 55.737705 50.821130
2021-03-25 17:00:00 67.816092 67.816092 52.290907
2021-03-24 17:00:00 63.900415 63.900415 53.964192
2021-03-23 17:00:00 46.246973 46.246973 54.222914

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 31.464435 31.464435 25.574319
2021-03-28 17:00:00 26.090632 26.090632 25.517996
2021-03-27 17:00:00 26.439318 26.439318 25.167803
2021-03-26 17:00:00 26.436064 26.436064 24.669923
2021-03-25 17:00:00 24.333239 24.333239 24.480709
2021-03-24 17:00:00 28.930245 28.930245 24.251964
2021-03-23 17:00:00 22.296066 22.296066 23.833933

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 22.599195 50.273145 41.862393
2021-03-28 17:00:00 88.209176 88.209176 41.470543
2021-03-27 17:00:00 41.607957 41.607957 40.631852
2021-03-26 17:00:00 39.452555 39.452555 39.325329
2021-03-25 17:00:00 39.901865 39.901865 38.800179
2021-03-24 17:00:00 29.163823 29.163823 37.423748
2021-03-23 17:00:00 21.181263 21.181263 36.310366

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 12.528648 12.528648 8.172096
2021-03-28 17:00:00 9.575185 7.625650 8.072462
2021-03-27 17:00:00 12.424242 7.359307 7.780110
2021-03-26 17:00:00 8.356808 8.356808 7.593122
2021-03-25 17:00:00 7.104377 9.313617 7.451626
2021-03-24 17:00:00 6.137184 6.137184 7.215084
2021-03-23 17:00:00 7.542694 7.542694 6.918104

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 15.821782 15.821782 14.946077
2021-03-28 17:00:00 16.229564 16.229564 14.789099
2021-03-27 17:00:00 15.589420 15.589420 14.628124
2021-03-26 17:00:00 13.397417 15.624453 14.514382
2021-03-25 17:00:00 13.695486 15.459021 14.357071
2021-03-24 17:00:00 12.807634 12.807634 14.207257
2021-03-23 17:00:00 13.441919 13.441919 14.047485

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 18.493027 10.228924 12.747068
2021-03-28 17:00:00 14.106001 14.106001 12.795127
2021-03-27 17:00:00 13.498344 13.498344 12.837785
2021-03-26 17:00:00 13.882124 13.882124 12.810677
2021-03-25 17:00:00 14.278160 14.278160 12.732116
2021-03-24 17:00:00 11.453449 11.453449 12.686748
2021-03-23 17:00:00 12.014934 12.014934 12.675905

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 38.888889 38.888889 20.232233
2021-03-28 17:00:00 25.431711 25.431711 20.032922
2021-03-27 17:00:00 27.106227 27.106227 20.173072
2021-03-26 17:00:00 26.644463 14.487927 19.971814
2021-03-25 17:00:00 22.554890 22.554890 19.851369
2021-03-24 17:00:00 22.681452 22.681452 19.791141
2021-03-23 17:00:00 14.910026 14.910026 19.645941

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 44.262295 9.246575 17.894702
2021-03-28 17:00:00 27.304965 27.304965 17.529902
2021-03-27 17:00:00 43.103448 20.344828 17.439242
2021-03-26 17:00:00 18.095238 18.095238 17.708008
2021-03-25 17:00:00 20.748299 20.748299 17.700399
2021-03-24 17:00:00 21.472393 21.472393 17.770290
2021-03-23 17:00:00 7.425743 7.425743 17.407563

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-29 17:00:00 17.304493 43.023532 32.974442
2021-03-28 17:00:00 34.675228 34.675228 32.638366
2021-03-27 17:00:00 31.512003 31.512003 31.953451
2021-03-26 17:00:00 30.745524 30.745524 32.289209
2021-03-25 17:00:00 27.203625 27.203625 32.024537
2021-03-24 17:00:00 29.381295 29.381295 32.140720
2021-03-23 17:00:00 33.452442 33.452442 31.952456

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 21.313035 21.313035 17.537661
Basilicata 14.864865 20.450607 21.418727
Calabria 14.075630 6.968279 12.934856
Campania 17.882821 14.602919 14.322703
Emilia-Romagna 80.311502 45.369430 47.777601
Friuli Venezia Giulia 25.315391 9.317443 18.238736
Lazio 14.217673 14.217673 9.492966
Liguria 134.800000 12.523226 16.426682
Lombardia 30.834050 14.630166 30.306686
Marche 31.266846 8.222577 17.654908
Molise 9.740260 9.740260 5.601652
P.A. Bolzano 13.833992 2.127660 7.192836
P.A. Trento 40.776699 21.483376 47.344077
Piemonte 31.464435 31.464435 25.574319
Puglia 22.599195 50.273145 41.862393
Sardegna 12.528648 12.528648 8.172096
Sicilia 15.821782 15.821782 14.946077
Toscana 18.493027 10.228924 12.747068
Umbria 38.888889 38.888889 20.232233
Valle d'Aosta 44.262295 9.246575 17.894702
Veneto 17.304493 43.023532 32.974442

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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